蛋白软件安装资源文件

2021-01-04

蛋白软件安装资源文件

资源描述

本仓库提供了一系列用于蛋白结构分析和处理的软件安装包，涵盖了并行计算环境、GPU加速工具以及多种蛋白分析软件。以下是资源文件的详细列表：

主要软件包

  1. 并行环境
    • OpenMPI
  2. GPU加速工具
    • Relion GPU版（包含fftw、fltk）
  3. 蛋白分析软件
    • Coot
    • PyMOL
    • Gautomatch
    • Gctf
    • Frealign
    • Bsoft
    • Ctffind
    • DoGpicker
    • Resmap
    • MotionCor2
    • MotionCorr
    • Eman2.2
    • Spider
    • Chimera

安装说明

环境要求

  • 操作系统：Linux（推荐使用Ubuntu或CentOS）
  • GPU：支持CUDA的NVIDIA显卡
  • 内存：至少16GB
  • 硬盘空间：至少100GB

安装步骤

  1. 下载资源文件
    • 从本仓库下载所有资源文件。
  2. 安装依赖库
    • 使用以下命令安装必要的依赖库： 
      sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential cmake libfftw3-dev libfltk1.3-dev
  3. 安装OpenMPI
    • 解压OpenMPI安装包，进入目录并执行以下命令： 
      ./configure --prefix=/usr/local
make -j4
sudo make install
  4. 安装Relion GPU版
    • 解压Relion安装包，进入目录并执行以下命令： 
      mkdir build
cd build
cmake -DCUDA=ON ..
make -j4
sudo make install
  5. 安装其他软件
    • 按照每个软件包内的README文件进行安装。

注意事项

  • 安装过程中可能会遇到依赖库版本不匹配的问题，请根据错误提示进行相应的调整。
  • 部分软件可能需要手动配置环境变量，请参考各自的安装文档。

联系我们

如果在安装过程中遇到任何问题，欢迎通过GitHub Issues联系我们，我们将尽快为您提供帮助。

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